差分バックアップで、履歴が取れる、rdiff-backup です。
とりあえず、ここから読むと入り易いです。
http://www.atmarkit.co.jp/fnetwork/rensai/netool19/rdiff-backup01.html
コマンド一覧はここを参考にしています。
http://seki.jpn.org/modules/pukiwiki/index.php?rdiff-backup
本当はここを見ないといけない気がしますが、 殆ど見ないです。
http://www.nongnu.org/rdiff-backup/